Les premiers documents faisant état de la vaccination datent de longtemps car celle-ci était connue en Orient, mais le premier exemple de vaccination moderne fut pratiqué par Edward Jenner, qui développa un vaccin contre la variole en 1796. Il avait observé que des fermiers au contact d'animaux infectés par la variole n'attrapaient pas la maladie. Il réalisa qu'une injection d'un peu de pus d'une vache malade pouvait ensuite protéger les gens. Sans le savoir, il avait utilisé une version moins virulente de la variole qui partage certaines caractéristiques antigéniques avec la version humaine du virus.

Certaines infections chez les animaux ne sont pas transmissibles aux humains et vice versa; les agents causant les maladies peuvent être semblables mais les maladies prennent une forme différente dépendamment de l'espèce hôte. C'est pour cette raison que le VIH, l'hépatite, la rubéole, la fièvre typhoïde, la lèpre, la fièvre jaune, la malaria, le syndrome Epstein-Bar, l'influenza, les oreillons, la rougeole et la maladie de Creutzfeldt-Jakob existent chez les humains mais pas chez les animaux. La rage est très rare chez les humains. D'autres maladies comme l'anthrax et Ebola peuvent infecter les animaux et les humains.

Au 19ème siècle, les vaccins étaient communément créés et testés sur les animaux et la croyance que les maladies infectieuses pouvaient être transmises d'une espèce à une autre était très forte; maintenant nous savons que cette hypothèse est erronée. La « théorie du germe » de Pasteur et les postulats de Koch encouragèrent l'utilisation d'animaux pour reproduire les maladies humaines. Le premier vaccin contre la poliomyélite fut réalisé en utilisant des cellules de singe mais aujourd'hui il est considéré plus sûr d'utiliser du tissu humain. En effet, il y a moins de risques de répandre des virus d'animaux dans la population humaine et les vaccins développés en utilisant du tissu humain sont vraisemblablement plus efficaces.

Un large éventail de documentation existe pour prouver que les premiers vaccins ont en fait tué ceux qui les avaient essayés, comme le vaccin de Koch contre la tuberculose ou celui de Pasteur contre la rage. Le vaccin BCG est d'une efficacité très variable, par exemple. Tester des vaccins sur les animaux ne donne pas de garantie quant à leur efficacité chez les êtres humains, mais seulement des indices. Il faut savoir que 10% des animaux de laboratoire en Europe sont utilisés uniquement pour tester les vaccins.

La dose de vaccin nécessaire pour obtenir un effet de 50% chez les animaux (ED50) et la dose de vaccin protégeant 50% des animaux après une infection (PD50) ne sont pas des indications pouvant être extrapolées de façon fiable aux êtres humains. À cause des différences majeures de leur système immunitaire et des réponses variables aux agents infectieux, on en déduit que les espèces animales ont évoluées avec des réponses immunitaires qui leur sont propres. En laboratoire, une souche infectieuse est placée dans un environnement artificiel qui diffère de celui de la souche originelle. La voie de transmission est différente aussi. Les tests sérologiques chez les animaux n'indiquent pas que le vaccin est efficace.

Il y a beaucoup de concessions faites par rapport à la situation idéale, qui serait d'étudier les vaccins chez l'espèce hôte comme l'homme, c'est pourquoi il est impératif de promouvoir le développement d'alternatives. De plus en plus, les vaccins sont produits in vitro; ils ne requièrent pas de tests d'efficacité de routine chez les animaux (typhoïde orale, rougeole, oreillons, influenza, hépatite A et B). Par exemple, un vaccin contre la rage pour un usage vétérinaire est en cours de développement grâce à des méthodes immunochimiques qui déterminent la composition de la glycoprotéine du virus, plutôt que de faire des tests sur la souris. Ces tests ne devraient pas être le standard par excellence pour tester les vaccins, étant donné leur manque de fiabilité.

En outre, les vaccins vivants peuvent retrouver une forme virulente et chez des individus immunodéficients, cette situation peut poser un risque sévère; des effets secondaires peuvent survenir telles les réactions allergiques dues aux contaminations par d'autres virus animaux inconnus ou par des substances chimiques utilisées pour produire les vaccins. Certains vaccins ont été liés à des désordres neurologiques et à des cancers chez les humains. Administrer un vaccin n'est pas quelque chose à prendre à la légère et les compagnies pharmaceutiques ne le savent que trop bien; c'est pour cette raison qu'elles préfèrent ne pas s'investir dans la production de vaccins.

Les lobbies supportant l'expérimentation animale clament que les vaccins modernes ont été découverts en utilisant des animaux, ce qui est vrai puisque l'utilisation d'animaux de laboratoire était une règle quasi dogmatique au 19ème siècle et même encore aujourd'hui. Les vaccins auraient pu être aussi bien testés chez des volontaires, ce qui d'ailleurs est la règle en réalité. La vraie question est de savoir si l'on a besoin d'un vaccin et si les tests sur l'animal rendent ce vaccin plus sécuritaire. Aujourd'hui certains vaccins ne requièrent pas de tests sur les animaux et il y a un progrès significatif dans les cas où s'utilisent plutôt du tissu humain.

Les expérimentateurs clament aussi que grâce à la vaccination (et donc l'expérimentation animale), des millions de personnes ont été sauvées. Certainement, des millions de personnes ont été « sauvées » parce qu'elles ne furent pas en contact avec des agents infectieux en premier lieu. Il y a des cas bien documentés qui montrent que la corrélation entre la vaccination et la chute de la mortalité pour un pays donné n'existe pas, ce qui suggère que la vaccination ne soit pas le facteur responsable du déclin de la mortalité. En fait, il est bien plus probable qu'un déclin naturel des maladies infectieuses est la cause réelle de la chute de la mortalité; une meilleure nutrition, l'hygiène et la quarantaine sont les facteurs responsables de la disparition des maladies infectieuses.

La peste bubonique a tué trois quarts des Européens durant le Moyen Âge, et disparut aussi mystérieusement qu'elle vint. Qu'en est-il du SRAS (Syndrome Respiratoire Aigu Sévère), qui a provoqué une vague de panique au Canada cette année? En fait, de simples règles d'hygiène et de quarantaine, encore une fois, ont fait reculer le virus. Beaucoup de personnes deviennent malades à cause des vaccins reçus durant les campagnes de vaccinations commanditées par les gouvernements sous la pression des géants pharmaceutiques.

Par exemple, le SV-40 est un virus présent dans les cellules de singe mais personne ne le savait lorsque le vaccin contre la poliomyélite a été produit. Maintenant, le SV-40 s'est transmis chez les humains avec des effets imprévisibles comme le cancer. Comment pouvons-nous effectuer un contrôle des agents infectieux dont nous ne connaissons rien? Peut-être que de simples précautions pourraient prévenir un désastre comme la Maladie de la Vache Folle et la propagation d'encéphalopathies transmissibles dans les populations humaines. Nous devrions limiter nos interactions avec les animaux et leurs produits, que nous retrouvons sous forme de vaccins, de protéines, d'ADN, de cellules et d'organes utilisés en médecine.

Dans le cas du SIDA, notre compréhension du VIH nous vient d'expériences in vitro sur des tissus et des cellules humaines; le progrès médical dans ce champ, comme dans tant d'autres, s'articule sur la connaissance de la biologie humaine et comment les humains répondent aux traitements. C'est de cette façon que nous pourrions peut-être comprendre les maladies et trouver des traitements. Les tests de vaccins contre le SIDA vont devenir plus sûrs et seront disponibles plus rapidement s'ils sont effectués en utilisant des systèmes basés sur le modèle humain.

Un exemple récent d'échec que nous devons à la recherche basée sur les animaux est le dernier vaccin en date pour traiter la maladie d'Alzheimer; il fut testé «avec succès» chez la souris, cependant il induisait une inflammation du cerveau chez les patients s'étant portés volontaires pour l'essayer. L'essai fut arrêté. La recherche basée sur les animaux donne des indices et beaucoup d'information à filtrer pour finalement retenir les meilleurs candidats à tester chez les humains, souvent en vain et après des années de recherches et d'essais. Cela crée beaucoup de confusion et retarde le savoir médical. Au contraire, la recherche basée sur le modèle humain fournit une meilleure précision et une plus grande fiabilité, réduisant le taux d'échec dans notre quête de traitements. La science n'est pas seulement une activité où les chercheurs réunissent de l'information (de la même façon que quelqu'un déposerait suffisamment de sous dans une machine au casino pour gagner le gros lot) la science doit aussi évoluer et constamment chercher les meilleures méthodes qui sont vraiment scientifiques et basées sur des hypothèses et des théories solides.

• Hans Reusch. Slaughter of the Innocent CIVITAS, 1991
• Medical Microbiology Third Edition Patrick Murray and al. MOSBY, 1998
• C. Ray Greek Ray and Jean Swingle Greek. Sacred Cows and Golden Geese. Chapter 2 "How it all began." CONTINUM 2000
• Coenraad Hendrikson et al. Validation of Alternative Methods for The Potency Testing of Vaccines. ALTA 26, 747-761
• Y. Shoenfeld and A. Aron-Maor. Vaccination and autoimmunity-Vaccinosis-A Dangerous Liaison. Journal of Autoimmunity, 14, 1-10 2000
• http://members.iinet.net.au/~eye/propaganda/articles/vaccination_doctors.html
• Nature Medicine Volume 8, Number 3, March 2002